Porazom od Levantea u sudijskom vremenu, Malaga je i matematički izgubila šanse za opstanak u španskoj Primeri. Tim sa Rosalede je pet kola prije kraja posljednji na tabeli sa 17 bodova, duplo manje od prvog iznad crte Levantea. Na taj način, Malaga je postala prvi klub iz takozvanih liga petice, koji je ispao iz elitnog ranga ove sezone.
Ona će se poslije 10 godina igranja u Primeri preseliti u Segundu. U tom razdoblju uspjela je da se izbori za historijski plasman u Ligu šampiona. I ne samo to, u najjačem evropskom takmičenju došla je nadomak polufinala.
Bila je to sezona 2012/2013. kad je Malaga predvođena Manuelom Pelegrinijem i igračima poput Vilija Kabaljera, Dijega Lugana, Martina Demikelisa, Žeremija Tulalana, Hoakina, Žulija Baptiste, Iska kao prvoplasirana prošla grupu u konkurenciji Milana, Zenita i Anderlehta, a kasnije u nokaut fazi izbacila Porto... Međutim, u četvrtfinalu je sačekao Dortmund i čuveni revanš na Vestfalenu.
Poslije 0:0 u Španiji, španski tim je imao vodstvo od 2:1 do 90. minute minute u Njemačkoj i siguran prolaz među četiri najbolje evropske ekipe. Ipak, uslijedio je nevjerovatan preokret domaćih u nadoknadi vremena za kraj evropskih snova plavo-bijelih.